對臨床組織樣本進行研究，尋找**標記，是蛋白質組研究的重要方向之一。但臨床樣本都是各種細胞或組織混雜，而且狀態不一。如腫瘤組織中，發生癌變的往往是上皮類細胞，而這類細胞在腫瘤中總是與血管、基質細胞等混雜。所以，常規采用的癌和癌旁組織或腫瘤與正常組織進行差異比較，實際上是多種細胞甚至組織蛋白質組混合物的比較。而蛋白質組研究需要的通常是單一的細胞類型。*近在組織水平上的蛋白質組樣品制備方面也有新的進展，如采用激光捕獲微解剖(LaserCapture Microdissection, LCM) 方法分離癌變上皮類細胞。