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堿裂解法提取質粒DNA

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點擊量: 172077 來源: 上海創賽科技有限公司
實驗目的
1、掌握*常用的提取質粒DNA的方法和檢測方法;
2、了解制備原理及各種試劑的作用。
 
實驗原理  堿裂解法是一種應用*為廣泛的制備質粒DNA的方法,堿變性抽提質粒DNA是基于染色體DNA與質粒DNA的變性與復性的差異而達到分離目的。在pH值高達12.6的堿性條件下,染色體DNA的氫DNA鍵斷裂,雙螺旋結構解開而變性。質粒DNA的大部分氫鍵也斷裂,但超螺旋共價閉合環狀的兩條互補鏈不會完全分離,當以pH4.8的NaAc/KAc高鹽緩沖液去調節其pH值至中性時,變性的質粒DNA又恢復原來的構型,保存在溶液中,而染色體DNA不能復性而形成纏連的網狀結構,通過離心,染色體DNA與不穩定的大分子RNA、蛋白質-SDS復合物等一起沉淀下來而被除去。
    **質粒是一類雙鏈、閉環的DNA,大小范圍從1kb至200kb以上不等。各種質粒都是存在于細胞質中、獨立于細胞染色體之外的自主復制的遺傳成份,通常情況下可持續穩定地處于染色體外的游離狀態,但在一定條件下也會可逆地整合到寄主染色體上,隨著染色體的復制而復制,并通過細胞分裂傳遞到后代。
    質粒已成為目前*常用的基因克隆的載體分子,重要的條件是可獲得大量純化的質粒DNA分子。目前已有許多方法可用于質粒DNA的提取,本實驗采用堿裂解法提取質粒DNA
一、材料
  含pUC19質粒的大腸桿菌,1.5ml塑料離心管, 離心管架,槍頭及盒、衛生紙。
二、設備
    微量移液器(20μl,200μl,1000μl), 臺式高速離心機,恒溫振蕩搖床, 高壓蒸汽**器(**鍋), 渦旋振蕩器,恒溫水浴鍋,雙蒸水器,冰箱,等。
三、試劑準備
1、 LB液體培養基:稱取蛋白胨(Tryptone)10 g,酵母提取物(Yeast extract) 5g,NaCl 10g,溶于800ml蒸餾水中,用NaOH調pH至7.5,加水至總體積1升,高壓下蒸氣**15分鐘。
2. 氨芐青霉素(Ampicillin, Amp)母液:配成 100mg/ml水溶液,-20℃保存備用。
3. 溶液Ⅰ:50mM葡萄糖,25mM Tris-HCl(pH 8.0),10mM EDTA(pH 8.0)。
配制方法:1M Tris-HCl(pH 8.0)12.5ml,0.5M EDTA(pH 8.0)10ml,葡萄糖4.730g,加ddH2O至500ml。在121℃高壓**15min ,貯存于4℃。
4. 溶液Ⅱ:0.2M NaOH,1% SDS。
配制方法:2M NaOH 1ml,10%SDS 1ml,加ddH2O至10ml。使用前臨時配置。
5. 溶液Ⅲ:醋酸鉀(KAc)緩沖液,pH 4.8。
配制方法:5M KAc 300ml,冰醋酸 57.5ml,加ddH2O至500ml。4℃保存備用。
6. 苯酚/氯仿/異戊醇(25:24:1)。氯仿可使蛋白變性并有助于液相與有機相的分開,異戊醇則可起消除抽提過程中出現的泡沫。酚和氯仿均有很強的腐蝕性,操作時應戴手套。【生物秀 www.bbioo.com】
7. 無水乙醇;
8. 70%乙醇;
9. TE:10mM Tris-HCl(pH 8.0),1mM EDTA(pH 8.0)。
配制方法:1M Tris-HCl(pH 8.0)1ml,0.5M EDTA(pH 8.0)0.2ml,加ddH2O至100ml。121℃高壓濕熱**20min,4℃保存備用。
1M Tris Cl(Tris(三羥甲基)氨基甲烷):800ml H2O中溶解 121g Tris堿,用濃鹽酸調pH值,混勻后加水到1L;
 0.5M EDTA(乙二胺四乙酸):700ml H2O中溶解186.1g Na2EDTA.2H2O,用10M NaOH調 pH8.0(需約50ml), 補H2O到 1L。
10. RNA酶A母液:將RNA酶A溶于10mmol/L Tris·Cl(pH7.5), 15mmol/L NaCl中,配成10mg/ml的溶液,于100℃加熱15分鐘,使混有的DNA酶失活。冷卻后用1.5ml eppendorf管分裝成小份保存于-20℃。
 
四、操作步驟
1. 挑取LB固體培養基上生長的單菌落,接種于20ml LB(含Amp100ug/ml)液體培養基中,37℃、250rmp振蕩培養過夜(約12-14hr)。
2. 取1.5ml培養液倒入1.5ml eppendorf管中,12000rmp離心1-2min。棄上清,將離心管倒置于衛生紙上,使液體盡可能流盡。
3、菌體沉淀重懸浮于100μl溶液Ⅰ中(需劇烈振蕩,使菌體分散混勻。),室溫下放置5-10 min。
4、加入新配制的溶液Ⅱ200μl,蓋緊管口,快速溫和顛倒eppendorf管數次,以混勻內容物(千萬不要振蕩),冰浴5 min,使細胞膜裂解(溶液Ⅱ為裂解液,故離心管中菌液逐漸變清)。
5、加入150μl預冷的溶液Ⅲ,蓋緊管口,將管溫和顛倒數次混勻,見白色絮狀沉淀,可在冰上放置5min。 12000rmp離心10min。溶液Ⅲ為中和溶液,此時質粒DNA復性,染色體和蛋白質不可逆變性,形成不可溶復合物,同時K+使SDS-蛋白復合物沉淀。
6、上清液移入干凈eppendorf管中,加入等體積的酚/氯仿/異戊醇,振蕩混勻, 12000rmp離心10min。(450μl的苯酚/氯仿/異戊醇。)
7、小心移出上清于一新微量離心管中,加入2倍體積預冷的無水乙醇,混勻,室溫放置 2-5min,離心12000rmp×10min。
8、棄上清,將管口敞開倒置于衛生紙上使所有液體流出,加入1ml 70%乙醇洗沉淀一次,12000rmp離心5 min。
9、 吸除上清液,將管倒置于衛生紙上使液體流盡,室溫干燥。
10、將沉淀溶于20μl TE緩沖液(pH8.0,含20μg /ml RnaseA,約4μl)中,37℃水浴30min以降解RNA分子,儲于-20℃冰箱中。 
實驗結果:
 
注意事項
1. 提取過程應盡量保持低溫。
2. 沉淀DNA通常使用冰乙醇,在低溫條件下放置時間稍長可使DNA沉淀完全。沉淀DNA也可用異丙醇(一般使用等體積),且沉淀完全,速度快,但常把鹽沉淀下來,所以多數還是用乙醇。
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