X射線熒光光譜儀較常見的故障，一般發生在開機時，偶爾也發生在儀器運行中。故障的產生原因可以從三個方面去分析：X射線防護系統;內部水冷系統;高壓發生器及X射線光管。

日本理學X射線高壓發生器常見故障分析：

X射線防護系統

為了防X射線漏出，高壓發生器在射線防護系統正常的情況下才能啟動。射線防護系統正常與否，主要檢查以下二部分：

1、面板的位置是否正常。 X射線熒光光譜儀是一個封閉系統，面板是外層的射線防護裝置，如果有一塊面板不到位，儀器就有射線泄漏的可能。因此，每塊面板上都有位置接觸傳感器，面板沒有都合上，高壓開不起來。

2、X射線的警示標志是否正常。規定X射線熒光光譜儀安裝紅色警告信號燈并與相應的開關聯動，因此如果信號燈失靈，高壓也開不起來。

有一種簡單的方法可以判斷高壓不能啟動是否是由射線防護系統引起，將儀器的狀態設定為維修狀態，射線防護系統，如果這時高壓可以開起來，就可以確定故障是由射線防護系統的問題引起的。