6、轉動粗細調比鋁調焦時，動作要緩慢，不要壓碎蓋被片，以防接物鏡和集光器受控擊而損壞。
7、使用油鏡后，須將鏡頭上的香柏油拭探干凈(可用擦鏡紙蘸少許二甲苯拭擦，但注怠二甲苯不能滲入鏡頭內部，否則二甲苯溶解透鏡之間的粘合劑，可使鏡片脫落)。
8、反光鏡鏡面要保護清潔，不要使水、二甲苯或香柏油透入，以免反光鏡的水銀脫落。
9、加機械部分不靈活，可用細綢布蘸二甲苯少鈞：拭去銹和油膩(不得用乙醇，因為這些溶劑會侵蝕油漆)，再用少許液體石服潤滑；旋扭過緊不要強行扭動，以免損壞。
10、有時在生物顯微鏡的視野中發現有污點或異物，可先轉動目鏡，如果這些污點跟著旋轉，則可確定污點是在目鏡上；否則，可移動標本片，如污點跟著移動，則污點是在標本片上。如果兩者都不是，則污點是在物鏡上，可先撿食物鏡的前鏡頭，然后檢查后鏡頭。根據不問情況進行清潔處理。有時視野的一部分不清晰，這可能是物鏡或目鏡的前透鏡表面有指印或灰塵，也可能是標本片做得不好或顯微鏡用法不當，如照明系統末調好等原因，應查明情況，分別解決。
11、生物顯微鏡用畢后，應將各部分擦拭干凈，格接物鏡轉成八字形，然后將鏡筒和集光器下降固定，再將反光鏡的鏡面置垂直的位置。
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